壹基金搭建了健全的治理机制，建立58个规章制度，形成了完善的筹资、财务、项目管理、内审和外审等风险控制体系。作为公募性基金会，需要对来自公众捐赠资金的良好风险控制，以确保资金能够安全和有效的使用到被需要的群众中去。在资金安全方面，壹基金将资金托管于招商银行，接受招商银行的审核与监督。在内部则建立了完善的项目审计体系，对于所有资助项目都将进行严格的财务审计，对投入于重大灾害中的项目则进行第三方的专项审计，机构则每年接受独立会计师事务所的外部审计。对于壹基金资助开展的项目，除了严格财务管理外，还建立起项目监测系统进行日常监测。对于正式立项的公益计划和特别重要的项目，每三年会通过招标程序委托第三方进行评估，以确保项目的质量。